建築条件付の土地を購入して建物は将来建築したいのだけど、ダメですか？

残念ながらダメです。

当該土地の売主である不動産会社が、建物を建築する業者を指定します。買主様の好きな建築業者（ハウスメーカー・工務店など）で、建てることはできません。
この建築条件付き土地とは、売主が指定した建築業者と、一定期間内（3ヶ月だが時には6ヶ月もあります）に建物を建築する契約を締結することを条件に土地を販売する、というものです。
ですので、一定期間を経過した時期に建物を建築することを条件として購入することはできません。

【ご参考】
契約形態は、「土地」については売買契約で、「建物」は建築請負契約となりますので、「土地」の購入について仲介手数料は掛かりますが、「建物」の建築について仲介手数料は掛かりません。なぜなら、「建物」は売買契約ではなく請負契約だからです。
ただし、一定期間内に建物請負契約が成立しない場合は、土地の売買契約が白紙解除となります。また、支払い済みの金銭は全額返還されますのでご安心を。
あと、土地の売買契約と建物の請負契約は同日に行うと違法になります。請負契約書の日付を空けての同日契約も違法です。お気を付けください。